Une abbaye bénédictine y fut fondée par saint Pirmin en 725, dans la vallée de la Kinzig. Autour d’elle, s’installèrent des fermes et un marché seigneurial au cours du haut Moyen Âge. En 1360, Gengenbach, qui avait reçu en 1230 le droit urbain, devint Ville libre d’Empire, avec comme dépendances les villages de Reichenbach, Schwaibach, Ohlsbach et Bermersbach. L’église paroissiale était jusqu’à 1803 Saint-Martin en dehors des fortifications, fortifications dont il reste la tour des Suédois, la Porte haute, la Tour de la Kinzig et la Tour de Niggel (du XIVe au XVIe siècle). Gengenbach passé au protestantisme en 1525, revint de force au catholicisme en 1547-1548. Pendant la Guerre de Trente Ans, les troupes protestantes de Bernard de Saxe-Weimar pillèrent la ville qui fut presque complètement détruite par les troupes françaises de Louis XIV au cours de la Guerre de la Ligue d’Augsbourg ou de succession du Palatinat. En 1803, la ville fut annexée au grand-duché de Bade. En 1975, une réforme administrative l’a rattachée à l’Arrondissement d’Ortenau.